اندازه حفره ازسیکلودکسترینمولکول ها ممکن است با مولکول های مهمان مطابقت داشته باشند و گروه های هیدروکسیل در لبه های حفره می توانند پیوندهای هیدروژنی با مولکول های مهمان تشکیل دهند. ماهیت آبگریز فضای داخلی به آن اجازه می دهد تا مولکول های چربی دوست را در خود محصور کند. در نتیجه، توانایی تشخیص و تعامل انتخابی با مولکولهای آلی را دارد. با موفقیت در روش های مختلف کروماتوگرافی و الکتروفورتیک برای جداسازی ایزومرها و انانتیومرهای مختلف استفاده شده است.
بسیاری از داروها یا پیش سازهای آنها حداقل یک مرکز کایرال دارند و اغلب یک انانتیومر فعال است در حالی که دیگری غیر فعال یا حتی سمی است. استفاده از سیکلودکسترین یا پلیمرهای سیکلودکسترین، فناوری جداسازی انانتیومرها را بهبود می بخشد، به ویژه با سیکلودکسترین اصلاح شده با مولکول کایرال. به عنوان مثال، Tang Kuowen و همکاران. مورد استفاده قرار گرفت-سیکلودکسترینپلیمر به عنوان فاز ساکن، پلی دی متیل سیلوکسان به عنوان رقیق کننده، و کروماتوگرافی گازی برای جداسازی ایزومرهای موضعی و ایزومرهای کایرال یک سری از ترکیبات معطر. نتایج تجربی نشان میدهد که این سیکلودکسترین توانایی تشخیص کایرال قوی را نشان میدهد، به ویژه قابلیتهای جداسازی قابل توجهی را برای انانتیومرهای آلکنها، کتونها، استرها و غیره نشان میدهد.
